Acțiunea poveștii are loc într-o istorie ficțională a evenimentelor din viața reală și urmărește bătălia dintre Asasini, care luptă pentru pace prin libertate, și Templieri, care doresc pace prin control. Povestea are loc la mijlocul secolului 18, în timpul Războiului de Șapte Ani, și îl urmărește pe Shay Patrick Cormac, fost Asasin devenit Templier. Gameplay-ul în Rogue este foarte similar cu cel din Black Flag, cu un amestec între explorarea navală și explorarea third-person pe uscat, existând, însă, și unele funcții noi.