Shadow of the Tomb Raider are loc după evenimentele descrise în Rise of the Tomb Raider. De data aceasta, domnișoara Croft călătorește spre America Latină, unde călătorește prin ruinele civilizației antice (inclusiv piramidele Mayanilor și Aztecs), descoperă misterele Ordinului Trinității și află mai multe despre cercetarea efectuată de tatăl ei. Povestea este mai matură decât în jocurile anterioare. Pentru a descrie Lara ca un aventurier mai avansat, dezvoltatorii intenționau să o forțeze să facă față consecințelor deciziilor luate de ea.