Acțiunea jocului are loc în anul 431 î.Hr, cu patru sute de ani înainte de evenimentele din Assassin’s Creed Origins. Prezintă o istorie ficțională secretă a războiului peloponesiac, care s-a disputat între orașele-stat ale Greciei. Jucătorul preia rolul unui mercenar și poate lupta pentru Liga de la Delos, condusă de Atena, sau pentru Liga peloponesiacă, condusă de Sparta. Povestea principală a jocului îl prezintă pe jucător în încercarea de a-și regăsi familia destrămată, după ce, la comanda oracolului din Sparta, el și fratele său au fost aruncați de pe o stâncă atunci când erau mici și au fost lăsați să moară. Misiunile secundare urmăresc distrugerea unui cult malefic din lumea greacă și descoperirea unor artefacte și monștri de pe Atlantida.